Mặc dù vậy, hoạt động của những người Cộng sản vẫn không ngừng tăng lên. Ngày 15 tháng 2 năm 1961, các đơn vị vũ trang của họ thống nhất thành Quân Giải phóng miền Nam Việt Nam, thành lập các đơn vị quân sự chính quy. Trước quy mô chiến tranh mở rộng, ngày 1 tháng 8 năm 1961, các Trung tâm Huấn luyện Đà Nẵng, Nha Trang, Sông Mao được hợp nhất thành Trung tâm Huấn luyện Biệt động quân Dục Mỹ. Các trung tâm Trung Hòa và Thất Sơn cũng được sáp nhập thành Trung tâm Huấn luyện Biệt động quân Trung Lập để có thể huấn luyện quy mô cấp Tiểu đoàn. Đầu năm 1962, các Đại đội Biệt động quân thuộc quyền các Tiểu khu được thu hồi để thành lập 3 Tiểu đoàn đặt dưới quyền các Quân khu là Tiểu đoàn 10 (Quân khu 1), Tiểu đoàn 20 (Quân khu 2) và Tiểu đoàn 30 (Biệt khu Thủ đô), sau đổi tên thành Tiểu đoàn 11, 21 và 31 để tương ứng với thứ tự từng vùng chiến thuật.

Sau những rối ren chính trị, từ năm 1965, Chính quyền Việt Nam Cộng hòa đi vào sự ổn định tương đối. Đến cuối năm 1965, các Đại đội Biệt động quân độc lập còn lại cũng được bổ sung và tổ chức lại thành 17 Tiểu đoàn Biệt động quân. Từ năm 1966, Lực lượng Biệt động quân tiếp tục được cải tổ để thành lập các Liên đoàn Biệt động quân (gồm các Liên đoàn 1, 2, 3, 4, và 5), đặt trực thuộc các Quân đoàn. Nhiệm vụ của Lực lượng Biệt động quân cũng thay đổi, trở thành các đơn vị trừ bị, có khả năng cơ động nhanh, đối phương không còn là các toán du kích nhỏ mà là các đơn vị chủ lực của Quân Giải phóng cấp Trung đoàn. Liên đoàn 6 được thành lập vào năm 1968.

Khi xây dựng lực lượng này, ý đồ của Bộ tham mưu VNCH mong muốn BĐQ trở thành đơn vị có thể thay thế được quân Mỹ, làm giảm tối đa sự phụ thuộc. BĐQ sớm trở thành đơn vị trù bị cấp chiến thuật, bên cạnh 2 đơn vị Dù và TQLC Vì vậy, binh sĩ tham gia biệt động quân đều là tình nguyện, ngoài mức lương còn được lãnh "tiền tử" (tiền bảo hiểm) hàng năm khá cao.

Tính đến giữa năm 1969, Lực lượng Biệt động quân được tổ chức 6 Liên đoàn, trong đó có Liên đoàn 5 và 6 là Lực lượng Tổng trừ bị cho Bộ Tổng tham mưu, dưới sự điều hành của Bộ chỉ huy Biệt động quân Trung ương. Các Liên đoàn 1, 2, 3 và 4 là đơn vị Tổng trừ bị cho 4 Quân khu, với sự điều hành của 4 Bộ chỉ huy Biệt động quân Quân khu và dưới quyền điều động trực tiếp của các Tư lệnh Quân đoàn I, II, III và IV. Năm 1973, thành lập Liên đoàn 7 làm đơn vị Tổng trừ bị cho Bộ Tổng tham mưu.